Die auf einem Hügelsporn über der Töss thronende Burg wird 1027 erstmals erwähnt. Der ursprüngliche Name "Chuigeburg" (=Kühburg) deutet auf eine Fluchtburg hin. Hartmann von Dillingen gelangte durch Heirat in den Besitz der Güter und der Burg, baute beides aus und nannte sich nach dem neuen Sitz Graf von Kyburg. Dieses Geschlecht wurde zur wichtigsten Adelsfamilie neben den Habsburgern und den Savoyern im Gebiet des heutigen Schweizer Mittellandes. Nach dem Tod des letzten Kyburgers 1264 sicherte sich Rudolf von Habsburg das Erbe. Nach seiner Wahl zum deutschen König sollen sogar die Reichskleinodien auf der Burg verwahrt worden sein.
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Die Habsburger verlagerten ihr Interesse später nach Osten (Kärnten, Niederösterreich), so dass im 15. Jahrhundert die Stadt Zürich durch Kauf in den Besitz der Grafschaft gelangte, die sie als Landvogtei verwaltete. Bis 1798 amteten vornehme Zürcher Bürger jeweils für sechs Jahre auf der Kyburg als Vogt, hielten Gericht und trieben die Abgaben ein.
